BrainVoyager 操作流程
步骤：重命名
1． File→Rename DICOM Files
说明：般文件起名英文否排序时成功
步骤二：转换功
1．File→Nnew Pproject
2．Pproject type→选择 functional MRI data set (FMR)
3．describe data
(1) select first source file→ 选择试功run文件中第文件例liulei_intertemporal choice_s10011000100001dcm
(2) skip first N volumes 15 (掉前面TR)
4．Target directory
(转化结构放什方试数面建放分析数文件夹例analysis 然analysis文件面建两文件夹例function anatomy文件夹放功分析数文件夹放结构分析数)
步骤处理结构选择function文件夹
5．点go
6 FMR properties→Verified钩
7．点击面保存钮进行保存例第试第run保存 s1_run1
然重复面操做试run文件功数进行转化
步骤三：转换结构
1． File→Nnew Pproject
2 Pproject type→选择 Aanatomical 3D data set (VMR)
3 describe data
(1) select first source file→选择试3d文件中第文件例liulei_intertemporal choice_s10017000100001dcm
(2) Number of slices 176 (结构扫描层数边176层)
4 Target directory
步骤处理结构选择anatomy文件夹
5 点go
6．Contrast and brightness→ok
7 进行保存例第试3d保存 s1_3d
8 点击Yes
9 apply same transformation 前面钩点ok
10．点保存
步骤四：功预处理
（功文件预处理开功文件例s1_run1fmr）
1 Analysis→FMR Data Preprocessing
2 Preprocessing options中选择进行预处理步骤（已选择三项）
3 点击Advanced精细调整相应参数
（1） 3D motion correction：
1) 头动校正默认方法Trilinear interpolation Trilinearsinc interpolation更慢结果更
2) 点击右侧option
user other FMR for intrasession alignment 钩选择转化第功 s1_run1fmr （试run预处理选择文件）
align T1 saturated first volume FMR 前面钩掉
点0k
4．点击go开始处理
头动参数图条曲线代表含义：
红：x轴方移
绿：y轴方移
篮：z轴方移
黄：x轴方旋转
红紫：y轴方旋转
青：z轴方旋转
Y轴刻度代表移毫米数者旋转度数Cross scan超25毫米者2度
右击保存头动图
步骤五：建构实验矩阵
开已完成预处理功文件
1．Analysis→Stimulation protocol
2．Experiment name：起名字
3．Add：通add增加变量
Edit name变量进行命名例两变量forecdchoicefreechoice
Edit color：设置变量颜色
4．点击Show plot点击变量（例forcedchoice）然意选长方形竖条然点击add to PRT
然点击变量（例freechoice）然选长方形竖条然点击add to PRT
5 点击save PRT保存（例果第runprt 保存run1_prt）
注：步骤做PRT模板计算出试runPRT复制模板然分贴PRT数
做出试runPRT文件然做出PRT放应试处理数文件里面
步骤六：单run检测激活
开预处理功文件（预处理功文件需进行步处理）
1 FMR Properties
Referenced protocol (PRT) file 中选择预处理功应PRT文件
2 Analysis→GLM single study
右键点击第变量（例forcedchoice）点击HRF(实际gamma函数)
然点击Add pred次右键点击外变量（例freechoice）点击HRF理添加完变量（注变量时点击add pred）
保存文件生成sdm缀文件
注：预处理功文件需进行步处理生成sdm缀文件
步骤七：提取功解剖齐信息
开结构（例s1_3d_ISOvmr）
1 点击3D Volume Tools→full dialog→coregistration
2．FMRVMR coregistration：点击select FMR选择试第run预处理功
3 点击Align→source option→选择use linked AMR→Run IA
4 次点击Align→finetuning alignment →manual alignment –use current translation and rotation values →run FA
步骤八：结构转化标准空间
开结构（例s1_3d_ISOvmr）
1 点击3D Volume Tools→full dialog→tailairach
2 点击Find AC point：找AC点（师兄方没法说啊知前没）
3 点击Find ACPC plane：找PC点
4 点击tailairach→go
5 Tailairach proportional grid reference points Tailairach点选择设置ACPCAPPPSPIPRPLP分点set point确定
6 点击Save TAL
7 点击ACPCTAL选择sinc interpolation 然go
步骤九：功解剖齐空间标准化功
开刚操作结构文件（s1_3d_ISO_TALvmr）
1 Analysis→create 3d time course VTC file
2 Functional slicebased data file 里选择预处理功文件（预处理功文件重复步骤八）
3 点击auto fill 面两框动填入信息两trf文件
4 点击第四brouseanatomy文件夹里选择ACPCtrf结尾文件
5 点击第五brouse anatomy文件夹里选择TAL结尾文件
6． Go
步骤十：组分析
开结构文件（s1_3d_ISO_TALvmr）
1 Analysis→Link 3d time course VTC file
2 点击brouse选择第runvtc结尾文件
3 点击ok
4 Analysis→GLM multi study
5 点击add to list 选择vct文件（双击）进选择应sdm文件想分析试run选进
6 点击save保存
7 研究random modelRFX GLM选 选程序默认FIX model
8 go
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步骤：重命名
1． File→Rename DICOM Files
说明：般文件起名英文否排序时成功
步骤二：转换功
1．File→Nnew Pproject
2．Pproject type→选择 functional MRI data set (FMR)
3．describe data
(1) select first source file→ 选择试功run文件中第文件例liulei_intertemporal choice_s10011000100001dcm
(2) skip first N volumes 15 (掉前面TR)
4．Target directory
(转化结构放什方试数面建放分析数文件夹例analysis 然analysis文件面建两文件夹例function anatomy文件夹放功分析数文件夹放结构分析数)
步骤处理结构选择function文件夹
5．点go
6 FMR properties→Verified钩
7．点击面保存钮进行保存例第试第run保存 s1_run1
然重复面操做试run文件功数进行转化
步骤三：转换结构
1． File→Nnew Pproject
2 Pproject type→选择 Aanatomical 3D data set (VMR)
3 describe data
(1) select first source file→选择试3d文件中第文件例liulei_intertemporal choice_s10017000100001dcm
(2) Number of slices 176 (结构扫描层数边176层)
4 Target directory
步骤处理结构选择anatomy文件夹
5 点go
6．Contrast and brightness→ok
7 进行保存例第试3d保存 s1_3d
8 点击Yes
9 apply same transformation 前面钩点ok
10．点保存
步骤四：功预处理
（功文件预处理开功文件例s1_run1fmr）
1 Analysis→FMR Data Preprocessing
2 Preprocessing options中选择进行预处理步骤（已选择三项）
3 点击Advanced精细调整相应参数
（1） 3D motion correction：
1) 头动校正默认方法Trilinear interpolation Trilinearsinc interpolation更慢结果更
2) 点击右侧option
user other FMR for intrasession alignment 钩选择转化第功 s1_run1fmr （试run预处理选择文件）
align T1 saturated first volume FMR 前面钩掉
点0k
4．点击go开始处理
头动参数图条曲线代表含义：
红：x轴方移
绿：y轴方移
篮：z轴方移
黄：x轴方旋转
红紫：y轴方旋转
青：z轴方旋转
Y轴刻度代表移毫米数者旋转度数Cross scan超25毫米者2度
右击保存头动图
步骤五：建构实验矩阵
开已完成预处理功文件
1．Analysis→Stimulation protocol
2．Experiment name：起名字
3．Add：通add增加变量
Edit name变量进行命名例两变量forecdchoicefreechoice
Edit color：设置变量颜色
4．点击Show plot点击变量（例forcedchoice）然意选长方形竖条然点击add to PRT
然点击变量（例freechoice）然选长方形竖条然点击add to PRT
5 点击save PRT保存（例果第runprt 保存run1_prt）
注：步骤做PRT模板计算出试runPRT复制模板然分贴PRT数
做出试runPRT文件然做出PRT放应试处理数文件里面
步骤六：单run检测激活
开预处理功文件（预处理功文件需进行步处理）
1 FMR Properties
Referenced protocol (PRT) file 中选择预处理功应PRT文件
2 Analysis→GLM single study
右键点击第变量（例forcedchoice）点击HRF(实际gamma函数)
然点击Add pred次右键点击外变量（例freechoice）点击HRF理添加完变量（注变量时点击add pred）
保存文件生成sdm缀文件
注：预处理功文件需进行步处理生成sdm缀文件
步骤七：提取功解剖齐信息
开结构（例s1_3d_ISOvmr）
1 点击3D Volume Tools→full dialog→coregistration
2．FMRVMR coregistration：点击select FMR选择试第run预处理功
3 点击Align→source option→选择use linked AMR→Run IA
4 次点击Align→finetuning alignment →manual alignment –use current translation and rotation values →run FA
步骤八：结构转化标准空间
开结构（例s1_3d_ISOvmr）
1 点击3D Volume Tools→full dialog→tailairach
2 点击Find AC point：找AC点（师兄方没法说啊知前没）
3 点击Find ACPC plane：找PC点
4 点击tailairach→go
5 Tailairach proportional grid reference points Tailairach点选择设置ACPCAPPPSPIPRPLP分点set point确定
6 点击Save TAL
7 点击ACPCTAL选择sinc interpolation 然go
步骤九：功解剖齐空间标准化功
开刚操作结构文件（s1_3d_ISO_TALvmr）
1 Analysis→create 3d time course VTC file
2 Functional slicebased data file 里选择预处理功文件（预处理功文件重复步骤八）
3 点击auto fill 面两框动填入信息两trf文件
4 点击第四brouseanatomy文件夹里选择ACPCtrf结尾文件
5 点击第五brouse anatomy文件夹里选择TAL结尾文件
6． Go
步骤十：组分析
开结构文件（s1_3d_ISO_TALvmr）
1 Analysis→Link 3d time course VTC file
2 点击brouse选择第runvtc结尾文件
3 点击ok
4 Analysis→GLM multi study
5 点击add to list 选择vct文件（双击）进选择应sdm文件想分析试run选进
6 点击save保存
7 研究random modelRFX GLM选 选程序默认FIX model
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